疑难肺病科成立于1972年，拥有独立的门诊、住院病房、医技科室、气管镜室及检验检查等相关附属设施，由上海市肺科医院沙巍教授作为学科带头人，设有3个病区，总床位数124张。是南通市临床医学中心建设单位，南通市医学重点专科，南通市结核病科质控中心，南通市耐多药肺结核定点单位。

　　在难治性肺结核、结核性胸膜炎、脑膜炎、淋巴结核、糖尿病合并肺结核、重症结核的诊断治疗、非结核分支杆菌肺病的诊断和处理方面经验丰富。支气管动脉栓塞术治疗肺结核大咯血、超声透药治疗难治性结核病等技术省内领先。

　　除常规诊治呼吸系统常见病外，科室在疑难性肺部疾病的临床诊治方面具有深厚造诣，包括间质性肺疾病、结节病、弥漫性泛细支气管炎、下呼吸道难治性感染、肺栓塞、变态反应性支气管肺曲菌病、隐源性机化性肺炎、侵袭性大支气管真菌病、肺血管炎、支气管淀粉样变等少见病的诊断与治疗具有深入研究和丰富经验，同时对难治性肺部感染包括侵袭性肺真菌病的治疗有独到经验。